حظي مسجد المشعر الحرام في مزدلفة باهتمام بالغ من حكومة خادم الحرمين الشريفين ا حيث تم اعادة عمارته وأصبحت مساحته الاجمالية بعد التوسعة تقدر بستة الاف متر مربع ومتوسط جدرانه ثمانية أمتار مبنية من الاجور وزين من الخارج بحجارة مصقولة .
ويتكون سقف المسجد من عدة أعمدة قطر كل عمود متران وزين بثمانية أعمدة صغيرة الصقت به ارتفاع كل منها ثلاثة امتار.
ويشتمل على ستة مناور موزعة بطول سقف المسجد عرض كل نافذة متر ونصف المتر وارتفاع مترين مزدانة من الخارج بأطر معدنية توحي باشكال هندسية وتعلوها نوافذ اخرى اصغر حجما يبلغ عددها مائة وعشرين نافذة مزخرفة بمادة البلاستروك.
كما زينت جدران المسجد من الاعلى بشرفات جصية في أشكال هندسية يبلغ عددها ستمائة وأربعين .
وللمسجد ثلاثة أبواب من الخشب يوجد بكل باب ثلاثة عقود ويبلغ ارتفاع محراب المسجد أربعة امتار وهو مزين بزخارف جصية كما ان للمسجد مئذنتين قاعدة كل مئذنة ستة عشر مترا مربعا وارتفاع كل مئذنة أربعون مترا .
وكان مسجد المشعر الحرام في السابق عبارة عن جدار وحرصت المملكةعلى بنائه بشكل معماري يتفق مع قدسية هذا المكان الذي ورد ذكره في القرآن الكريم في قوله تعالى «فإذا افضتم من عرفات فاذكروا الله عند المشعر الحرام» فكانت بداية عمارته فى عام 1395ه وتم الانتهاء منها في عام 1399ه.
ويعتبر المشعر الحرام في العصر العباسي الاول وفي بداية القرن الثالث الهجري متواضع البناء ولاتزيد مساحته عن الف متر مربع وعبارة عن فضاء مسور مكشوف في الوسط .
وجددت عمارة المسجد بعد ذلك عدة مرات حيث تم تجديدها في عهد الامير يليغا الخاسكي فى عام760ه والسلطان جقمق عام 842ه والسلطان قايتباي في عام 874ه وكانت آخر عمارة أجريت له في عهد العثمانيين عام 1072ه.
ويتوسط مسجد المشعر الحرام في موقعه بين مسجد نمرة في عرفات ومسجد الخيف بمنى .